آمار
| تعداد نشریات | 22 |
| تعداد شماره‌ها | 485 |
| تعداد مقالات | 5,045 |
| تعداد مشاهده مقاله | 9,290,880 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 6,135,351 |
مدل‌سازی برهم‌کنش نوکلئوکپسید پروتئین نوترکیب عامل اصلی بیماری موزائیک انجیر، با آنتی‌بادی مونوکلونال به روش‌های In silico | ||
| دوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی | ||
| دوره 10، شماره 1، شهریور 1398، صفحه 1-8 | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22084/ab.2018.17267.1387 | ||
| نویسندگان | ||
| مرتضی شاه میرزائی1؛ فرشاد رخشنده رو* 2؛ محمدرضا صفر نژاد3؛ حمیدرضا زمانی زاده4؛ توفیک البیانو5 | ||
| 1دانشجوی دکتری، گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده علوم کشاورزی و صنایع غذایی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران | ||
| 2استادیار، گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده علوم کشاورزی و صنایع غذایی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران | ||
| 3دانشیار، بخش تحقیقات ویروس‌های گیاهی، موسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تهران، ایران | ||
| 4استاد، گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده علوم کشاورزی و صنایع غذایی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران | ||
| 5پژوهشگر، مرکز بین‌المللی مطالعات پیشرفته زراعی حوزه مدیترانه، باری، ایتالیا | ||
| چکیده | ||
| امروزه مهندسی آنتی‌بادی یک رویکرد مهم در طراحی و ساخت آنتی‌بادی‌های تشخیصی و درمانی است. مطالعه برهم‌کنش میان آنتی‌بادی و آنتی‌ژن گامی مهم در طراحی آنتی‌بادی‌هایی با ویژگی‌های مطلوب و موردنظر است. در این راستا، روش‌های مطالعاتی In silico یک ابزار سودمند جهت بررسی ویژگی‌های ساختاری و تعاملات بین مولکولی است. درواقع Docking (جایابی لیگاند) فرآیند پیش‌بینی تعاملات و ترکیبات جفت شوندگی و آنتالپی اتصال مجموعه‌های آنتی‌ژن-آنتی‌بادی است. در این مطالعه ساختارهای سه‌بعدی نوکلئوکپسید پروتئین ویروس موزائیک انجیر Fig mosaic emaravirus (FMV) به‌عنوان آنتی‌ژن و هم‌چنین آنتی‌بادی به‌صورت قطعات متغیر تک زنجیره‌ای scFv علیه این آنتی‌ژن که از طریق تکنیک نمایش فاژی جداسازی شده بود، توسط نرم‌افزار تحت وب I-TASSER به‌دست آمد. پس از آن ساختارهای مجموعه‌های متصل شونده آنتی‌ژن-آنتی‌بادی و هم‌چنین شبیه‌سازی دینامیکی مولکول‌ها با انجام فرآیند داکینگ مولکولی توسط نرم‌افزار Hex صورت پذیرفت. با تجزیه‌وتحلیل مجموعه‌های متصل شونده آنتی‌ژن-آنتی‌بادی FMVNp-scFv، آمینواسیدهای دخیل در برهم‌کنش این مجموعه‌ها شناسایی گردید. نتایج نشان داد که تمام این اسیدهای آمینه‌ها متعلق به نواحی فوق متغیر (CDR) بودند. درمجموع نتایج حاصل از این مطالعه بیوانفورماتیکی می‌تواند در طراحی و توسعه آنتی‌بادی‌های جدید با گیرایی بالاتر در تشخیص ویروس موزائیک انجیر کمک نماید. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| آنتی‌بادی FMVNp-scFv؛ نرم‌افزار I-TASSER؛ نرم‌افزار Hex؛ همولوژی مدلینگ؛ داکینگ مولکولی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 576 |
||