
تعداد نشریات | 22 |
تعداد شمارهها | 485 |
تعداد مقالات | 5,045 |
تعداد مشاهده مقاله | 9,291,038 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 6,135,410 |
بررسی بیوانفورماتیکی ژنهای خانوادهی عوامل رونویسی WRKY در گندم | ||
دوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی | ||
مقاله 5، دوره 6، شماره 2، آذر 1394، صفحه 39-44 اصل مقاله (356.08 K) | ||
نوع مقاله: علمی - پژوهشی | ||
نویسندگان | ||
غفار خضری1؛ زهرا سادات شبر* 2؛ امیرمحمد ناجی3 | ||
1فارغالتحصیل کارشناسیارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شاهد، تهران | ||
2استادیار ژنتیک مولکولی و مهندسی ژنتیک پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، کرج | ||
3استادیار اصلاح نباتات- بیومتری، گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شاهد، تهران | ||
چکیده | ||
خانوادهی ژنی WRKY رمزکننده گروه بزرگی از عوامل رونویسی هستند که در تنظیم ژنهای پاسخدهنده به تنشهای زیستی و غیرزیستی بهخصوص در تنش خشکی دخیل میباشند؛ برای شناسایی اعضاء این خانواده ژنی در گندم، جستجوی چندگانه در پایگاههای اطلاعاتی مرتبط و tblastn براساس توالیهای حفظشدهی این خانواده در برنج در دادههای nr، EST، HTGS انجام شد. توالیهایی مثل EST و cDNA (فاقد پروتئین) توسط نرمافزارهای DNAstar و NCBI ORF finder ترجمه شدند. همردیفی و آنالیز فیلوژنتیکی با استفاده از نرمافزارهای MEGA4 و BioEdit انجام گردید. الگوی بیانی این خانوادهی ژنی با استفاده از دادههای ریزآرایه و در پایگاههای PLEXdb، GENEVESTGATOR بررسی شد. براساس نتایج بهدست آمده، 94 عضو از خانوادهی ژنی WRKY در گندم یافت شد. برای 76 عضو پیدا شده ساختار حفظ شده خانواده WRKY بهطور کامل وجود داشت و برای دیگر اعضاء توالی کامل پروتئین پیدا نشد. عوامل رونویسی WRKY در گندم همانند برنج بر مبنای ساختار دمین حفاظتشده WRKY به سه گروه تقسیم شدند. 7 عضو از این خانواده، با توجه به بیان افتراقی آنها در پاسخ به تنش خشکی در ارقام حساس و متحمل گندم، بهعنوان ژنهای منتخب برای افزایش تحمل به خشکی در گندم انتخاب شدند. | ||
کلیدواژهها | ||
آنالیز فیلوژنتیکی؛ الگوی بیان؛ تنش غیرزیستی؛ دمین حفاظتشده WRKY؛ همردیفی توالیها | ||
مراجع | ||
Dean-Knox, D., Devitt, D., Verchick, L. and Morris, R. 1998. Physiological response of two turfgrass species to varying ratios of soil matric and osmotic potentials. Crop Science, 38: 175-181.
Moral, L., Rharrabti, Y., Villegas, D. and Royo, C. 2003. Evaluation of grain yield and its components in durum wheat under Mediterranean conditions. Agronomy Journal, 95: 266-274.
Dong, J., Chen, C. and Chen, Z. 2003. Expression profiles of the Arabidopsis WRKY gene superfamily during plant defense response. Plant Molecular Biology, 51: 21-37.
Eulgem, T., Rushton, P. J., Robatzek, S. and Somssich, I. E. 2000. The WRKY superfamily of plant transcription factors. Trends in Plant Science, 5: 199-205.
Ingram, J. and Bartels, D. 1996. The molecular basis of dehydration tolerance in plants. Annual Review of Plant Biology, 47: 377-403.
Kadam, S., Singh, K., Shukla, S., Goel, S., Vikram, P., Pawar, V., Gaikwad, K., Khanna-Chopra, R. and Singh, N. 2012. Genomic associations for drought tolerance on the short arm of wheat chromosome 4B. Functional & Integrative Genomics, 12 (3): 447-464.
Kalde, M., Barth, M., Somssich, I. E. and Lippok, B. 2003. Members of the Arabidopsis WRKY group III transcription factors are part of different plant defense signaling pathways. Molecular Plant-Microbe Interactions, 16: 295-305.
Kafi, M., Noori, A., Salehi, M., Kamandi, A., Masoumi, A. and Nabati, J. 2009. Environmental stresses physiology of Plants, SID publications of Mashhad, 1: 394-395.
Riechmann, J., Heard, L. J., Martin, G., Reuber, L. and Jiang, C. Z. 2000. Arabidopsis transcription factors: genome-wide comparative analysis among eukaryotes. Science, 290: 2105-2110.
Rushton, P. J., Somssich, I. E., Ringler, P. and Shen, Q. J. 2010. WRKY transcription factors. Trends in Plant Science, 15: 247-258.
Rushton, P. J., Torres, J. T., Parniske, M., Wernert, P., Hahlbrock, K. and Somssich, I. E. 1996. Interaction of elicitor-induced DNA-binding proteins with elicitor response elements in the promoters of parsley PR1 genes. The EMBO Journal, 15 (20): 5690-5700.
Rushton, P. J., Bokowiec, M. T., Han, S., Zhang, H., Brannock, J. F., Chen, X., Laudeman, T. W. and Timko, M. P. 2008. Tobacco transcription factors: novel insights into transcriptional regulation in the solanaceae. Plant Physiology, 147 (1): 280-295.
Tamura, K., Dudley, J., Nei, M. and Kumar, S. 2007. MEGA4: molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution, 24 (8): 1596-1599.
Ulker, B. and Somssich, I. E. 2004. WRKY transcription factors: from DNA binding towards biological function. Current Opinion in Plant Biology, 7 (5): 491-498.
Wu, K. L., Guo, Z. J.,Wang, H. H. and Li, J. 2005. The WRKY family of transcription factors in rice and Arabidopsis and their origins. DNA Research, 12 (1): 9-26.
Zhang, Y. and Wang, L. 2005. The WRKY transcription factor superfamily: its origin in eukaryotes and expansion in plants. BMC Evolutionary Biology, 5: 1. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 2,256 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 1,770 |